截至2020年7月，亳州市辖涡阳县、蒙城县、利辛县和谯城区三县一区，其中谯城区为市委、市政府机关所在地。

市辖区

1.谯城区

谯城区是一座历史悠久的古城，是国家历史文化名城。谯城历史悠久、人文荟萃。谯城区古称“谯”，已有3700多年的历史，是道家思想和道教文化的发源地，是中医药文化的发源地，是中华文明发祥地之一。

县

2.蒙城县

蒙城，古称山桑、漆园、涡阳、淝水，是安徽省亳州市下辖县，地处淮北平原中部，位于安徽省西北部，总面积2091平方公里。蒙城境内有万佛塔、蒙城文庙、庄子祠、九鼎灵山寺等名胜古迹。

3.涡阳县

涡阳县，安徽省亳州市辖县，位于安徽省北部，总面积2107平方千米。

涡阳县是一代先哲老子的故里，汉为城父、山桑、至县地，北魏、北齐曾置涡阳、丹城、龙山县。境内人文景观众多，存有天静宫、东太清宫、范蠡冢、遗履桥、嵇康墓、陈抟卧迹、红城子遗址、张乐行故居等古迹。

4.利辛县

利辛县，隶属于安徽省亳州市，位于亳州市南部，北邻涡阳县，东靠蒙城县，南至淮南市的凤台县、阜阳市的颍上县，西接阜阳市的颍东区和太和县，总面积1950平方千米。

利辛县境内有伍奢冢、禅阳寺、阴阳城、纪家塔、节孝坊等古遗址。清音戏、拉魂腔、淮北大鼓及展沟九曲黄河灯阵被列为安徽省非物质文化遗产。